На наш взгляд, педагогическая система имеет свою «материальную основу» (А.М.Сидоркин), которая состоит из относительно автономных элементов, не обладающих интегративными свойствами системы, но обладающих способностью их образования во взаимодействии. Например, учитель без ученика не способен решать педагогические задачи. Уточняя программу педагогического системного исследования на этой основе, отметим, что его первым шагом является выделение этой совокупности элементов из среды как объекта изучения, то есть определение системы с онтологической точки зрения. Очевидно, что этот шаг будет состоять из двух процедур: для выделения этой системы как объекта исследования из среды необходимо представить ее как часть метасистемы и описать ее состав, то есть выделить те самые относительно автономные элементы, необходимые и достаточные для образования системы.

Но для функционирования, для «оживления» системы только наличия полноты состава элементов недостаточно, необходимо их взаимодействие. Поскольку в различные взаимодействия элементы вступают не целиком, а отдельными своими сторонами, то возможно выделение множества подсистем, причем «взаимоперекрывание» подсистем, то есть вхождение одного и того же элемента в разные подсистемы в отличие от «взаимоперекрывания» элементов является не нарушением логических правил, а наоборот, гносеологической нормой. Таким образом, второй шаг системного исследования делается уже на гносеологическом уровне, где выделяются «абстракции» (В.С.Леднев) или «единицы научного анализа» (Л.С.Выготский) – подсистемы. В гносеологическом смысле подсистемы – те «элементы» (Ю.А.Конаржевский, Б.П.Битинас и др.), которые обладают интегративными системными свойствами, но при их дальнейшем расчленении эти свойства исчезают. Второй шаг педагогического системного исследования также должен состоять из двух процедур – указание на угол зрения, под которым будет выстраиваться гносеологическая программа исследования системы и описание под этим углом зрения структуры системы. Причем в зависимости от понимания сущности системного подхода угол зрения мог быть различным, соответственно могли быть получены различные теоретические картины системы.