Так постепенно накапливались представления о тех характеристиках педагогической системы как "человекосодержащей", которые должны налагать ряд ограничений на реализацию определенных шагов системного подхода. Свободная воля людей, входящих в состав педагогической системы; индивидуальность и непредсказуемость их психических процессов, отношений, позиций, поступков; целеустремленность, ответственность и саморазвитие, определяющие субъектную позицию всех участников педагогических отношений - эти и другие особенности педагогической системы как вероятностной, целенаправленной и самоорганизующейся давали основания для обнаружения специфики определенных процедур системного подхода в педагогических исследованиях: моделировании, исследовании операций, прогнозировании поведения системы и т.п.

Многие педагоги указывали на недостаточную изученность основного компонента педагогических систем - человека и природы педагогических явлений и процессов как основное препятствие на пути системного подхода в педагогике и как главное основание для осторожного применения различных методов формализации, с которыми связана практически каждая процедура системного подхода.

Б.П.Битинас отмечал: "Мы настолько еще мало знаем о главных сторонах, свойствах и связях педагогических явлений, что моделирование реального педагогического процесса возможно лишь в первом приближении" (40, 2). Такого же мнения придерживался и В.В.Краевский, утверждавший, что "для того, чтобы заниматься измерениями и формализацией отношений, существующих между педагогическими явлениями, нужно точно знать, что именно может и должно быть измерено и формализовано, то есть измерение и формализация зависят от качественной разработанности педагогической проблематики"(182, 39).

Ряд ученых считали, что слабая формализуемость педагогических объектов, связанная с недостаточностью знаний о них, ограничивает область применения системного подхода теми педагогическими явлениями, которые уже достаточно изучены и имеют более простую структуру. В.И.Загвязинский предлагал использовать формализующие процедуры системного подхода для выяснения отдельных связей и зависимостей (например, прямой и обратной связей в системе "учитель-ученик"), поскольку формализация оказывается недостаточной для общих выводов о протекании педагогического процесса (116, 57).