Другими издержками недостаточной теоретической проработанности системного подхода и широких возможностей его приложения становились: “системный идеализм”- рассмотрение системы как абстракции вне связи с опытом (82, 175); “фетишизация системы” - попытка оторвать систему от явления, которое рассматривается в качестве системы, приписать последней самостоятельное реальное существование (255, 175); “пансистемность” - убежденность, что все явления и есть системы и суть только системы (255, 176) .

Одной из причин таких издержек Л.А.Петрушенко считал "выход за пределы реальности в инфантильном увлечении возможностями, открываемыми системным подходом, непонимание специфики этой теории и относительной истинности ее выводов" (255, 175).

Абсолютизация системного подхода, увлеченность красотой и стройностью его концептуальной схемы вели к тому, что форма и средство начинали преобладать над содержанием. Формально-логическое исполнение процедур системного подхода заставляло делать акцент на вычленении и описании инвариантных характеристик любой системы, что, в свою очередь, вело к формированию далеких от сущности явления представлений о нем.

Именно это уже в наше время имел в виду И.У.Ачильдиев, автор книги с показательным названием “В рабстве у систем”, когда писал: “Я открыл совершенно мне незнакомое и непонятное для непосвященных миросозерцание, когда описание самых различных явлений и процессов ведется с помощью абстрагирования от их субстанционального уровня. Речь может идти о плазме, но описание ее будет почти аналогично интерпретации поведения птичьей стаи. Для самого описания ее предмет оказывался лишним, а порой запутывающим смысл и проблематику” (24, 8).

Таким образом, главное достоинство системного мировоззрения - возможность выявления наиболее общих закономерностей существования и функционирования систем различного рода - могло обернуться недостатком для исследования в смысле отсутствия эвристичности, выявления и переформулировки уже известного науке знания, если исследователи останавливались на первых, обязательных процедурах системного подхода: выделение состава и структуры, функций, описание связи со средой, то есть фактически на доказательствах того, что изучаемый объект является системой.