Одной из наиболее популярных претензий к системному подходу было указание на отсутствие у него однозначно фиксированного формального аппарата исследования, нечеткость методологических процедур. Эта известная нечеткость, как указывал Б.Г.Юдин, производна от характера системного подхода и его исходных установок. Уже сам термин "подход" позволяет говорить о том, что системный подход не дает непосредственного решения проблемы, а является средством новой постановки проблем, заставляющим рассматривать объекты с точки зрения их целостности, комплексности, сложности, структуры и функций, организации, управления и т. д., то есть задающим новую организацию материала, подлежащего исследованию (392, 43).

А.Д.Урсул, подчеркивая отличие подхода от метода, отмечает, что он, во-первых, является более общим и менее определенным, чем метод; во-вторых, включает в себя лишь наиболее общие принципы и ориентации в исследованиях систем, не доводя до определенных операциональных установок, формализованных и математизированных теоретических теорий и концепций; в-третьих, одному подходу может соответствовать не один, а несколько методов (так системному подходу соответствуют различные варианты теории систем) (356, 46).

То есть исследователи общенаучного статуса и методологической природы системного подхода утверждали, что он задает специфическую оптику рассмотрения объектов изучения, не становясь конкретным инструментом, действующим по определенному алгоритму. Возможно, эта “нетехнологичность” общенаучного системного подхода связана с тем, что вопрос о создании общей теории систем, объединившей бы в стройную конструкцию все варианты системных исследований остается до сих пор открытым, да и сама возможность создания единой ОТС теперь уже подвергается сомнению. И поэтому, при понимании определенной специфичности системного подхода, кибернетики, системно-структурного анализа и других проявлений системной ориентации не преодолены трудности их дифференциации, они рассматриваются одновременно и как рядоположенные, и как взаимновключающие, а иногда и взаимозаменяющие подходы к исследованию.