При всем многообразии методов, применяемых последовательно на каждом этапе системного исследования объекта, результат, полученный на данном эпистемологическом уровне (в рамках методологического направления системного подхода), нельзя считать исчерпывающим изображением системы. Методы, разрабатываемые в рамках методологического направления системного подхода обретали статус общенаучных, их применение к объектам любой природы обосновывалось принципами изоморфизма, изофункционализма и изоэволюционизма систем. Эти принципы являются столь же существенными, сколь и односторонними для познания природы системного объекта, и только соединение их с "принципом уникальности" способно привести к достаточно полной характеристике изучаемых объектов, по мнению М.С.Кагана (136, 48). А реализация принципа уникальности возможна только при использовании содержательных методов конкретной науки. Именно в этой связи И.В.Блауберг, В.Н.Садовский, Э.Г.Юдин настаивали на необходимости сочетания формальных методов с эмпирически-содержательными (50, 34-36).

Эти методы разрабатывались уже в рамках другого направления системных исследований – в специально-научных системных концепциях, согласно схеме И.В.Блауберг, В.Н.Садовский, Э.Г.Юдин, и могут быть соотнесены со следующим эпистемологическим уровнем, на котором предмет рассматривается уже не как система вообще, а система, принадлежащая к особому классу системных объектов, обладающая уникальными характеристиками.

В рамках конкретно-научной методологии системного исследования разрабатывались следующие проблемы: определение специфики системных объектов различной природы; определение соответствующей специфики методов системного исследования; разработка приложений системного подхода в конкретных областях науки; определение стратегии практико-ориентированного системного исследования, имеющего целью использование системных представлений для построения (совершенствования) реальной системы и другие. То есть на этом уровне шла разработка конкретных приложений системного подхода в когнитивных и праксеологических программах определенной области науки и практики.