1. Философские аспекты системного подхода:

§   онтология систем, системная картина мира (онтологические определения понятия "система", классификация системных объектов);

§   гносеологическая проблематика системного подхода (гносеологические определения понятия "система", принципы ее изучения и описания, основные категории системного подхода – связь, структура, системообразующая связь и др.);

2. Системная логика и методология (специфические методы системного подхода, методика системного подхода);

3. Специально-научные системные концепции (специфика различных системных объектов, типология специально-научных системных подходов или приложений системного подхода);

4. Общая теория систем.

Если соотнести схему направлений разработки системного подхода и схему методологии науки, предложенные И.В.Блаубергом и Э.Г.Юдиным, становится очевидным, что шла комплексная проработка системных идей от уровня философии до методики конкретного исследования через всю вертикаль методологии науки, что доказывает еще раз особую роль системного подхода в отличие от других. Если понятие "подход" с момента своего появления в науке означало особый угол зрения на объект исследования, то системный подход соотносился еще и с выстраиванием особой исследовательской программы на основе этого угла зрения и дальнейшей конкретизации этой программы в особых методах.

Не соотносятся лишь последние, четвертые уровни обеих схем: уровень методики и техники исследования и уровень ОТС, поскольку первоначально представлялось, что с разработкой специально-научных системных концепций сложится методика системного исследования для каждой конкретной науки, которая станет общей для всех исследований в данной области. Однако история системных исследований показывает, что и до сих пор каждый конкретный исследователь (если он не просто декларирует, а реально использует системный подход) выстраивает собственную методику системного исследования. И речь на уровне системной логики и методологии (схема направлений системных исследований) и на уровне общенаучной методологии (схема методологии науки) должна идти не столько о методике системного исследования, сколько о методике выстраивания методики системного исследования в деятельности каждого конкретного ученого.