Реализация системного подхода к специфическим педагогическим объектам предполагает выстраивание логики определенных исследовательских шагов, позволяющих увидеть и исследовать предмет познания как систему. Так же, как и в общенаучной системологии, педагогическая программа системного исследования и его методика выстраивались на основе конкретизации сущности системного подхода: как рассмотрение взаимосвязанной совокупности элементов, выступающих как целостность по отношению к среде; как синетеза всех «срезов» полисистемного и полиструктурного объекта в целостную картину; как анализ одной, существенной, определяющей, системообразующей стороны объекта.

Специфика педагогических систем диктовала определенную коррекцию программы общенаучного системного подхода. В системологических поисках рассматриваемого и последующих периодов такая программа не была представлена целостно, можно выделить лишь более или менее полные ее варианты.

Обобщение опыта системных исследований педагогических объектов позволяет целостно представить модель методологии педагогического системного подхода, которая отражает и общие подходы к системному познанию педагогических объектов, и этапы программы системно-педагогического исследования как его общей стратегии, инварианта, и представления о методике системного исследования на определенных этапах программы как его вариативной части, тактике познания, определяемой в соответствии с задачами конкретной ситуации (таблица 2 в §3 третьей главы)). Причем особенностью программы системно-педагогического исследования является нарушение логической последовательности определенных процедур, их синхронность вследствие необходимости удержания сразу несколько позиций в исследовании предмета. Так, например, на методологическом уровне системного исследования представляются результаты онтологического и гносеологического уровней, но приступить к реализации онтологического и гносеологического уровней невозможно, не решив задачи методологического уровня.