Сочетание содержательных и формальных методов в методике системного исследования, по мнению методологов, должно было компенсировать редукционную сущность системного подхода при максимальном использовании его эвристического потенциала. Но «меру» этого сочетания, его познавательные формы каждый исследователь определял сам. По этому поводу в рассматриваемый период существовало единственное методологическое предписание, которое настоятельно требовало учитывать специфическую природу педагогических объектов (М.А.Данилов, В.И.Загвязинский, Ф.Ф.Королев, В.В.Краевский и др.).

Реализация этого предписания и в целом сциентистская или гуманитарная ориентация системного исследования педагогического объекта определялись «индивидуальной научной картиной мира» (В.И.Дрыгин) исследователей, педагогической парадигмой, в пределах научных норм и познавательных эталонов которой формировалась методика конкретного системного исследования. Те ученые, которым удалось осуществлять методическую деятельность в рамках гуманитарной парадигмы, не поступаясь спецификой предмета, соотнося исследовательские манипуляции (средство) с природой и внутренними закономерностями гуманитарной системы, ценностями гуманитарной культуры (содержание) сумели с помощью нового познавательного средства получить новое знание, более полно раскрывающее сложную природу целостности педагогических систем (Ю.К.Бабанский, М.А.Данилов, В.И.Загвязинский, Ф.Ф.Королев, В.В.Краевский, А.Т.Куракин, Л.И.Новикова, А.М.Сидоркин и др.).

Те исследователи, чьи познавательные эталоны и ценности лежали в пределах естественнонаучной парадигмы, выстраивали методику системного исследования, в которой логика средств подчиняла себе логику содержания. Продуктами реализации такой методики исследования были схематизированные формальные представления педагогических явлений и процессов и соответствующие формализованные предписания педагогической практике (В.П.Беспалько, Л.В.Беспалько, Г.Н.Зубенко, Ю.К.Лазичная, А.Ю.Уваров, А.А.Ченцов и др.).