Таким образом, методика системного исследования, связанная с пунктуальным следованием системологической программе без дополнительного подбора познавательного инструментария, позволяла выстраивать исследование на онтологическом и гносеологическом уровнях, то есть представлять педагогический объект в виде системы, доказывая наличие у него типичных системных свойств и описывать его как систему на уровне явления.

На методологический уровень исследования позволяла выходить методика, связанная с интерпретацией «инонаучных» методов и синтезом формальных и содержательных методов для реализации отдельных этапов программы. Проблема соотношения содержательного и формального в научном познании актуализировалась в отечественной гносеологии именно в связи с разработкой системного подхода и его экспансией в различные области знания (196, 9). Понятия «содержательное» и «формальное» в различных аспектах рассмотрения проблемы их соотношения могли наполняться разным содержанием, однако в контексте педагогических исследований чаще всего они толковались как производные от категорий содержания и формы в их общефилософском значении. В этом случае к числу формальных понятий, правил, операций и методов относились те, которые ориентировались преимущественно на исследование формы (структуры) в отвлечении от их содержания, а все остальные приемы, операции и методы классифицировались как содержательные. Согласно такому пониманию к формальным относились математические, системно-структурные и кибернетические методы (95, 18; 142, 20; 196, 13 и др.). С развитием методологии системного подхода математические и кибернетические методы стали рассматриваться как методы, позволяющие реализовывать определенные этапы системного исследования.

Некоторые философы-системологи напрямую связывали реализацию программы системного исследования с использованием математических методов (В.С.Тюхтин, А.Д.Урсул). Математические методы начали использоваться в педагогике с начала 60-х годов, задолго до обращения к системному подходу, выполняя, как правило, иллюстративные функции, переводя наличные знания на язык формул и схем. Эвристические функции эти методы стали выполнять, будучи методологически интерпретированы в рамках системного подхода, по мнению философа М.Н. Алексеева и педагога В.И.Загвязинского (118, 35).