Основные задачи, которые ставились перед педагогом в отношении учащихся школы-санатория, состояли в том, чтобы дать им знания, развить познавательные интересы и возможности, способности и творчество.

В школе-санатории не было обязательной программы, так как В. П. Кащенко и его сотрудники исходили из принципа, что важно не количество знаний, а их качество. А одним из требований к качеству знаний была их жизненность.

Всё обучение строилось на основе пробуждения у учащихся самостоятельности, активности в процессе усвоения знаний.

Излагая основные принципы работы школы-санатория, ее сотрудник И. Воскобойников в книге «Из жизни санатория-школы В. П. Кащенко» пишет: «Дети активны в восприятии излагаемого материала, выступая в положении самостоятельных или полусамостоятельных наблюдателей и исследователей».

«Во всех этапах работы учитель уступает первое место ученику, сохраняя за собой положение авторитетного помощника и руководителя в работе».

Такое внимание к предоставлению учащимся творческой самостоятельности в процессе обучения отнюдь не означало, что в школе-санатории недооценивалась роль учителя и внедрялись идеи «свободного воспитания». Всеволод Петрович и его сотрудники считали, что во всех случаях руководящая роль должна сохраняться за педагогом.

Основным методом, обеспечивавшим активность учащихся в процессе усвоения знаний, развитие способностей, коррекцию личности, были занятия ручным трудом, широко привлекавшимся на всех уроках. Всеволод Петрович и его сотрудники ручной труд рассматривали как метод усвоения и закрепления знаний. В нем же они видели эффективное средство коррекции личности. На всех уроках (математики, истории, географии, русского языка, естествознания и др.) отводилось много места ручной работе. Дети сами взвешивали, измеряли, зарисовывали, составляли коллекции, делали модели из глины и других материалов.

Методика обучения ручному труду и методика использования ручного труда в целях усвоения знаний была хорошо разработана и освещена в ряде работ В. П. Кащенко и его сотрудников. В частности, в работах сотрудников В. П. Кащенко по вопросам методики ручного труда подчеркивается необходимость начинать обучение ручному труду с пробуждения у учащихся интереса к результатам труда, к продукту труда, к изготовляемой вещи. Первоначально этими продуктами детского труда должны быть игрушки, затем вещи домашнего обихода. Этот интерес пробуждался путем демонстрации детям хорошо выполненной вещи и ее практического назначения. За желанием иметь эту вещь следовало стремление ее изготовить.