В основе деятельности малокомплектной школы, как и во всех остальных, — классно-урочная система организации занятий. С классом учителя работают по одной программе — как с единым целым. Содержание образования делится на большое количество предметов (и с каждым годом их становится всё больше), что требует и большего количества учителей-предметников.

А ведь в малокомплектных школах мало учеников и есть возможность учить каждого в отдельности в соответствии с его индивидуальными особенностями. Тем не менее даже здесь учебный процесс построен по одинаковой для всех программе. В условиях сильно выраженной дифференциации учащихся снижается планка требований, а вместе с тем и мотивация к учению, падает качество знаний. Если в массовых школах противоречие между фронтальной организацией учебного процесса и индивидуальными способами обучения хотя бы как-то смягчается за счёт распределения детей в разные по типу учебные группы и образовательные учреждения, то в малокомплектной школе это противоречие только усиливается. Из-за малочисленности невозможно иметь в школе квалифицированных специалистов по всем предметам, учителям приходится совмещать непрофильные для них дисциплины, что тоже снижает качество знаний. А поскольку при этом всё равно требуется довольно много учителей, надо содержать довольно большие по площади здания (каждому классу нужен кабинет), то встаёт экономическая проблема: классно-урочная организация обучения в малокомплектной школе очень затратна. Таким образом, собственно педагогическая проблема обусловливает веер других: затрудняет профильное обучение в старшем звене (сложно укомплектовать несколько профилей), не решает такую социальную проблему, как дефицит контактов у педагогов и школьников и т.д.

Руководитель лаборатории «Сельская школа» НИИ содержания и методов обучения РАО Г. Суворова справедливо полагает, что современная жизнь требует создания принципиально новых условий, обеспечивающих новое качество образования, успешного обучения детей. В отличие от «косметических» попыток решить проблемы малокомплектной школы, действующий в Красноярском крае проект «Создание малокомплектных сельских школ неклассно-урочного типа на основе разновозрастных учебных групп» направлен на устранение исходной причины недостатков этого вида школ.