Во время действия откупной системы в Средней Азии стали постепенно оживать и восстанавливаться города и земледелие и вместе с тем усиливаться власть крупных местных землевладельцев преимущественно тюркского происхождения — бегов или по-арабски — эмиров. С ними вынуждены были считаться откупщики — правители из рода Яловача и их хозяева — монгольские власти и чиновники. Так, на территории государства Чагатая возникло несколько уделов-улусов во главе с эмирами, которые стремились укрепить свою власть и сделать ее как можно менее зависимой от власти ханов и их ставленников — откупщиков.

В первой половине XIV в. при хане Кебеке — потомке Чагатая — была предпринята попытка централизации управления в государстве. Была отменена откупная система управления и введена административно-территориальная (для оседлой части Средней Азии). Страна была разделена на тумены во главе с туменными начальниками, назначавшимися ханами из числа царевичей, местной феодальной знати и племенных вождей кочевников. Одновременно по всей стране была введена единая денежная система: серебряные и медные монеты. Однако сопротивление централистским устремлениям чагатайских ханов со стороны улусных эмиров привело реформы хана Кебека к полной неудаче. Более того, в середине XIV в. весь огромный улус Чагатая разделился на два самостоятельных государства — Моголистан, к которому отошли Кашгария и Семиречье, и собственно чагатайское ханство в Мавераннахре. Между этими двумя государствами происходили многолетние постоянные войны. Междоусобицы не прекращались и внутри Мавераннахра. К этому времени монголы из рода чингисидов окончательно потеряли власть в Средней Азии. Лишь глубоко укоренившаяся родовая традиция заставляла среднеазиатских эмиров держать при себе номинальных подставных ханов.

Во второй половине XIV в. из числа среднеазиатских эмиров выделился предводитель крупной нукерской дружины, глава большого чагатайского племени барласов Тимур — основатель новой империи на Востоке. В процессе завоевательных походов (1370 —1405), сопровождавшихся разрушением и разорением городов, истреблением целых народов, Тимур сумел подчинить своей власти не только народы Средней Азии, но и Персии, Малой Азии, Закавказья, Золотой Орды.