Старая десятичная система управления вписалась в новое административно-территориальное устройство; в конце было две сотни. Сотни имели свой сход и избирали сотского. В военное время они представляли базу новгородского ополчения. Концы делились на улицы, управляемые уличанским вече и избираемым на нем старостой.

Управление обширными землями Новгородской республики осуществлялось из Новгорода с одновременным предоставлением землям известной самостоятельности. Как писал В. О. Ключевский, термин «пятины» для обозначения новгородских областей появляется уже после присоединения Новгорода к Москве. В республиканский период они назывались землями, а в ХП в. — рядами. Документы позволяют сделать вывод, что земли имели связи с концами Новгорода и Пскова, последние осуществляли управление и суд на прилежащих к ним землях.

Кроме столичных в обеих республиках были и другие города, находившиеся в зависимости от Новгорода и Пскова, их концов, называемые пригородами. На каждый конец Пскова в последней трети XIV в. приходилось по два пригорода. Они имели свое вечевое устройство, но вместе с тем центральная власть назначала в них наместников.

Система органов, осуществляющих правосудие в Новгороде и Пскове, имела свои особенности. Для нее характерно широкое участие в правосудии веча, правда, со временем все более убывающее. Как свидетельствуют летописи, вече осуществляло суд по наиболее опасным для государства преступлениям. Известны случаи, когда на вече производилось и дознание. Ни в Новгороде, ни в Пскове князья не имели права судить единолично, что специально записывалось в договорах с ними. Но они судили вместе с посадниками, а также представителями бояр и житьих людей. На местах тоже дела рассматривались коллегиально княжескими людьми и представителями пригородов.

Тысяцкий и два купеческих старосты осуществляли суд торговый. Ст. 5 и 6 «Рукописания князя Всеволода» подчеркивают независимость этого суда от посадника. Только в случае совершения преступления, в котором были замешаны новгородские и иностранные купцы, суд по делу осуществлял посадник совместно с тысяцким и купеческими старостами.