В августе был упразднен Святейший Синод и должность обер-прокурора Синода. Взамен возникло Министерство вероисповеданий, которое состояло из Департамента по делам православной церкви и Департамента по делам иноверческих религий. По существу сохранялось прежнее учреждение, только под другим названием.

В марте 1917 г. при Министерстве юстиции учреждается так называемая Чрезвычайная следственная комиссия для расследования противозаконных по должности действий бывших министров, главноуправляющих и других высших должностных лиц. Результаты работы комиссии нашли отражение в опубликованном сборнике документов под названием «Падение царского режима». В нем помещались результаты допросов (а иногда и сам ход допросов) ряда высших чиновников — прежде всего бывших министров внутренних дел и бывших директоров Департамента полиции. Комиссия интересовалась главным образом деятельностью политического сыска, связями двора с Германией, а также другими вопросами, которые компрометировали бывшего царя и его окружение. Работа комиссии имела целью показать населению, что Временное правительство хочет разобраться в злоупотреблениях должностных лиц царского режима. Некоторых бывших чиновников арестовали, а затем освободили по мотивам отсутствия в их действиях составов преступлений, так как их поведение соответствовало действующим тогда законам. Подобный вывод комиссии, безусловно, противоречил революционному правосознанию трудящихся классов. По мнению Керенского отсутствовали основания и для суда над бывшим царем.

Временное правительство создало также специальную комиссию по расследованию фактов противоправительственных выступлений в Петрограде 3—4 июля 1917 г. На образование комиссии дали согласие лидеры эсеро-меньшевистского ЦИКа, которые сами вошли в ее состав. Основная ее задача заключалась в организации преследования наиболее видных деятелей партии большевиков. В этот период правительство разгромило редакцию газеты «Правда», отдало приказ об аресте В. И. Ленина, который в связи с этим перешел на нелегальное положение. Некоторых большевиков арестовали и держали в тюрьме. Созданием комиссии делалась попытка юридически обосновать расправу с руководителями большевистской партии.