ПСЗ все-таки было не совсем полным собранием законов. Некоторые акты кодификаторам не удалось найти. Дело в том, что государственные архивы России находились в скверном состоянии. Ни в одном из них не было даже полного реестра существующих законов. В некоторых же случаях отдельные акты умышленно не вносились в ПСЗ. Речь идет о документах внешнеполитического характера, сохранявших еще оперативную секретность. Не вносились также законы, изданные по обстоятельствам чрезвычайной важности, и частные дела, касающиеся какого-либо лица или содержащие правила внутреннего распорядка для государственных органов. По подсчетам А. Н. Филиппова, в первое ПСЗ не вошло несколько тысяч документов.

В то же время в Полное собрание вошли акты, по существу не имеющие характера законов, поскольку само понятие «закон» в теории не было разработано. В Полном собрании законов можно найти акты неюридического характера, судебные прецеденты.

После издания Полного собрания законов Сперанский приступил ко второму этапу работы — созданию Свода законов Российской империи. При его составлении исключались недействующие нормы, устранялись противоречия, проводилась редакционная обработка текста. Отметим, что уже и при создании ПСЗ Сперанский позволял себе несколько редактировать публикуемые законы. Конечно, существо не менялось, но форма в определенной мере изменялась. Прежде всего акты давались в орфографии XIX в. Отбрасывались элементы закона, которые кодификатор считал, видимо, несущественными. Так, например, в «Учреждении для управления губерний» 1775 г. были отброшены заголовки статей. Это значительно сократило объем документа, но вместе с тем потерялся удобный для читателя вспомогательный к тексту аппарат. Иногда, видимо, в силу высокого темпа работы, вкрадывались и ошибки. Именно так, очевидно, «Краткое изображение процессов» и Артикул воинский попали под шапку Воинского устава и были датированы 1716г. Однако эти недостатки не умаляют громадного исторического значения работы, проделанной Сперанским и его небольшим коллективом.