Через Государственный совет должны были проходить все законопроекты. Он и сам должен был разрабатывать важнейшие из них. Вместе с тем в «Образовании Государственного совета» подчеркивалось, что ни один проект не может стать законом без утверждения его императором. На Государственный совет возлагались также обязанности по финансовому управлению.

Совет состоял из общего собрания и 4 департаментов: департамента законов, департаментов дел военных, дел гражданских и духовных, государственной экономии. Председателем Государственного совета считался сам император. Однако предусматривалось, что он может поручить функцию председательствования одному из членов Совета. Практически в течение рассматриваемого периода царь сам ни разу не председательствовал в Совете.

Еще раньше были реформированы органы отраслевого управления. Петровские коллегии уже на протяжении XVIII в. постепенно захирели. Принцип коллегиальности, существовавший в этих органах, все больше заменялся единоначалием их президентов, а сами коллегии при Екатерине II одна за другой упразднялись. В самом начале своего правления, в 1802 г., Александр I ввел новые органы отраслевого управления — министерства. Опыт их работы был обобщен и закреплен в 1811 г. «Общим учреждением министерств». Создавались министерства иностранных дел, военное, финансовое, юстиции и др. Круг министерств на протяжении периода менялся.

Главным отличием министерств от коллегий было утверждение принципа единоначалия. Министр полностью отвечал за руководство вверенной ему отраслью управления и имел все полномочия для осуществления этой задачи. Он был как бы самодержцем в своей сфере деятельности. Тем не менее при министре предусматривался также коллегиальный орган — совет министра. Он не был даже совещательным, а скорее лишь подготовительным органом, куда стекались все материалы из департаментов министерства, идущие на подпись министру.

Одновременно с министерствами был создан Комитет министров. Правда, положение о нем было издано десять лет спустя, в 1812 г. Это был совещательный орган при царе, имевший прежде всего межведомственные и надведомственные функции, т. е. он решал вопросы, касающиеся сразу нескольких министерств или превышающие компетенцию министра. Кроме того, у него был еще собственный круг полномочий, в частности Комитет наблюдал за губернаторами и губернскими правлениями. В состав Комитета министров входили председатели департаментов Государственного совета, министры, главноуправляющие ведомствами, государственный секретарь.