Реформировал он полностью и духовный суд. В качестве первой инстанции духовного суда были учреждены духовных дел управители. Второй инстанцией являлся архиерей епархии. Для выполнения судебных функций при нем было создано специальное учреждение — консистория. Высшей инстанцией для церковного суда являлся Синод.

Хотя Петр и попытался отделить суд от администрации, однако последовательно это у него не получилось. Создав органы, которые специально занимались судебными делами, Петр сохранил все же некоторые судебные функции за административными органами. Например, суд по земельным делам принадлежал Вотчинной коллегии, преступления против финансовых прав государства рассматривала Камер-коллегия. Учрежденные Петром надворные и нижние суды действовали под надзором губернаторов и воевод, т. е. подчинялись администрации. В конце царствования Петра I и после его смерти эта система стала свертываться. Функции общегражданских судов были переданы губернаторам и воеводам.

Екатерина II более последовательно провела отделение суда от администрации. Вместе с тем учрежденные ею судебные органы были устроены по подчеркнуто сословному принципу: отдельные суды для дворян, отдельные для горожан, отдельные для государственных крестьян. Что же касается помещичьих крестьян, то они подлежали вотчинной юрисдикции, как закупы во времена Русской Правды.

Каждый из учрежденных Екатериной сословных судов имел две ступени. Для дворян был учрежден уездный суд как суд первой инстанции и верхний земский суд — второй ступени, он был один на всю губернию. Для мещан соответственно городской и губернский магистраты. Для свободных крестьян — нижняя расправа в уезде и верхняя — в губернии. Одно название этих органов говорит само за себя. Кроме этих судов Екатерина II учредила еще в каждой губернии по одному совестному суду. Это название было дано им потому, что в своих решениях они могли руководствоваться не только законом, но и правосознанием, совестью, естественной справедливостью. Само собой разумеется, что в компетенцию этих судов входили лишь малозначительные уголовные и гражданские дела.