Формально подчиняясь гетману Левобережной Украины, Запорожье, как и русские казачьи области, пользовалось правом самоуправления. Оно поддерживало непосредственные связи с царским правительством. В Запорожье высшим органом считалась войсковая рада. Огромную роль играла высшая старшина — кошевой атаман, судья, писарь, есаулы. Запорожское казачество делилось на курени, возглавляемые куренным атаманом.

В управлении Слобожанщиной было много общего с управлением Левобережной Украиной, однако полки здесь в административном и военном отношении были подчинены не гетману, а белгородскому воеводе, Разрядному, а с 1688 г. и Посольскому приказам.

Все указанные основы организации и деятельности администрации на Украине каждый раз подтверждались в новых статьях и грамотах царского правительства, которые провозглашались при избраниях нового гетмана. Сохраняя самоуправление и предоставляя старшине, шляхте, духовенству феодальные привилегии, царское правительство вместе с тем укрепляло свою власть на Украине, используя в этих целях местных феодалов. Войсковые рады широкого состава перестали созываться совсем. Возросло значение старшинской рады и органов гетманской администрации, где заправляла генеральная старшина. Особую роль стала играть Генеральная войсковая канцелярия, в которой сосредоточилось политическое, административное, военное, судебное и финансовое управление. Выборы генеральной старшины и полковников уже к концу XVII в. приобрели лишь процедурный характер, так как эти должности фактически замещались по назначению гетмана. В начале XVIII в. был установлен новый порядок, при котором чины генеральной старшины назначались по представлению гетмана царским указом. В 1715 г. была отменена выборность полковой и сотенной старшины. Царизмом проводилась активная политика ограничения и гетманской власти. При гетмане с 1709 г. появляется должность российского резидента, а позже, с 1754 г., — советника с еще более широкими контрольными полномочиями. Царское правительство полностью контролировало деятельность гетмана. При определении кандидатуры на пост гетмана в XVIII в. оно стремилось подбирать таких деятелей, которые содействовали бы ему в постепенной ликвидации специфических форм административного и военного устройства Украины. Таким гетманом, например, был брат фаворита царицы Елизаветы Петровны Кирилл Разумовский. В 1764 г. гетманство было ликвидировано.