Постепенно власть военная, законодательная, административная и судебная сосредоточилась в руках гетмана. Гетману, в частности, принадлежало право руководить войском, численность которого в 1649 г. достигла 300 тыс. Он утверждал решения генерального суда, возглавлял старшинскую администрацию, подписывал универсалы, приказы, соглашения и другие правовые акты. При гетмане состояла постоянная рада, в состав которой входили генеральная старшина и часть полковников, она являлась совещательным органом. По мере укрепления своей власти гетман все реже созывал Войсковую и даже старшинскую раду, чаше советуясь с узким кругом своих приближенных. Местом сосредоточения гетманского управления был г.Чигирин, где проживал Б. Хмельницкий, но столицей Украины гетман неоднократно называл Киев.

Центральным административным и судебным органом, подчиненным гетману, был генеральный уряд (генеральная старшина). В его состав входили: генеральный (войсковой) писарь, генеральный казначей, хорунжий, бунчужный, обозный, генеральные есаулы и судьи. Генеральный писарь возглавлял гетманскую канцелярию, готовил проекты универсалов, распоряжений и других актов. Генеральные есаулы руководили войсками, иногда замещали гетмана во время военных действий. Генеральный обозный ведал реестром войска и организацией военного лагеря в походе, организовывал учет населения на освобожденной территории. Финансовыми делами руководил войсковой или генеральный казначей (подскарбий), в ведении которого находилась скарбовая канцелярия, занимавшаяся бюджетом. Все чины генерального уряда избирались на Войсковой раде во время выборов гетмана. Как и гетман, они были крупнейшими землевладельцами Украины.

Освобожденная часть территории Украины в военно-административном отношении делилась на полки, которых в 1649 г. было 16, а в 1650 г. — 20. Административным центром каждого полка был наиболее развитый на данной территории в экономическом и культурном отношении город. Полковник управлял полком с помощью полковой старшины, которая назначалась полковником или избиралась казаками. Каждый полк делился на сотни. Количество сотен в полках колебалось от 10 до 20 и более. Сотник руководил сотней совместно с сотенною старшиною: писарем, есаулом, хорунжим, атаманом. Сотника и сотенную старшину, как правило, выбирали казаки. В полковые и сотенные города назначался городовой атаман. Таким образом, в полковом и сотенном устройстве объединялась в одних руках военная и гражданская власть. В городах действовали и некоторые органы самоуправления: в больших —магистраты, в меньших — ратуши.