Крестьянская война под предводительством Болотникова и годы иностранной интервенции убедили царя в том, что на губные и земские органы нельзя полностью полагаться. Поэтому дополнительно к ним бьыи учреждены воеводы, которые назначались Разрядным приказом из числа бояр и дворян, утверждались царем и Боярской думой. Подчинялся воевода тому приказу, который его послал в соответствующий город или уезд. В больших городах назначались несколько воевод, но один из них считался главным. В отличие от кормленщиков воеводы получали государево жалованье и не могли обирать местное население.

Одна из главных задач воевод состояла в обеспечении финансового контроля. Они производили учет количества земли и доходности земельных участков всех хозяйств Сборы государственных налогов непосредственно проводили выборные старосты и целовальники, но надзор за ними осуществляли воеводы.

Важной государственной функцией воевод был набор на военную службу служилых людей из дворян и детей боярских. Воевода составлял на них списки, вел учет, проводил военные смотры, проверял готовность к службе. По требованиям Разрядного приказа воевода направлял военнослужащих на места службы. Он ведал также стрельцами и пушкарями, наблюдал за состоянием крепостей.

При воеводе имелась специальная приказная изба, которую возглавлял дьяк. В ней велись все дела по управлению городом и уездом. В процессе деятельности воевод им все в большей степени подчинялись губные и земские органы, особенно по военным и полицейским вопросам.

Регламентация прав и обязанностей воевод была столь неопределенной, что они уточняли их сами в процессе своей деятельности. Это создавало возможности для произвола. Воеводы путем вымогательства взяток изыскивали дополнительные источники доходов, не довольствуясь жалованьем. Особенно велик был произвол воевод в Сибири.