Второй принцип — системно-структурного подхода. Идея системного строения сознания впервые была высказана Л. С. Выготским, предлагавшим рассматривать психику как сложное целостное образование. Характер связей системы не случаен. Именно связи, а не объединяемые ими элементы определяют сущность системы. Психическое развитие проходит не за счет роста отдельных элементов (функций), а благодаря изменению отношений между ними. Поэтому отклонение в развитии тех или иных психических функций должно рассматриваться как следствие неадекватных связей и отношений этой функции с другими, то есть нарушение целостности всей системы.

Благодаря исследованиям Л. С. Выготского и А. Р. Лурии было пересмотрено само понятие «функция», представлявшееся ранее как нечто неразложимое и недифференцированное. В трактовке Л. С. Выготского функция получила статус сложной системы, включающей много компонентов, звеньев и фаз. Отсюда становится ясно, что простая констатация нарушения любого элемента психики без предварительного изучения его свойств и указания на то, какой компонент этой структуры нарушен, по сути своей есть игнорирование системно-структурного подхода и лишение психологического анализа всякого содержания.

И наконец, третий принцип — уровневого анализа. Формирование психики осуществляется благодаря неразрывному единству процессов дифференциации, интеграции и иерархизации (последовательного соподчинения одних функций другими). При анализе дизонтогенетической феноменологии психолог обязан учитывать характер нарушения иерархических (уровневых) связей. Так, при расстройстве молодой и более сложной функции, как правило, происходит «высвобождение» более элементарной, подчиненной ей, что может проявляться в снижении уровня произвольности ее регуляции.

Обозначенные выше две группы принципов: конкретно-методологические и конкретно-методические — образуют теоретический фундамент специальной психологии, наряду с учением о сущности и структуре отклоняющегося развития.