Отметим в связи с этим еще один важный аспект теории систем — иерархичность. Это значит, что всякая система может рассматриваться как подсистема в рамках другой, более крупной системы. Элементы системы рассматриваются далее как неделимые единицы анализа. Понятие иерархии в значительной степени подчеркивает свойство теории систем находить ту или иную точку зрения. Именно мы — наблюдатели, исследователи и психологи — выбираем разрешающий уровень для изучения системы. Выбираемый уровень расщепления оказывает значительное влияние на то, что мы видим и как оцениваем увиденное. При работе с ребенком в психиатрической клинике мы воспринимаем его психическое заболевание как нечто происходящее в нем самом. Работая с его семьей, мы можем сделать вывод о связи его симптомов с семейным конфликтом. Сделав следующий шаг, мы можем увидеть общее неблагополучие семьи в широком социальном контексте, например, проблемы в школе, низкооплачиваемая работа родителей, плохие жилищные условия и т.д. Одновременно с ростом наших знаний о связях и процессах взаимодействия, которые постепенно привели к аномальному поведению пациента, мы начинаем постигать всю сложность происходящего.

Каждую систему можно определить исходя из ее границ по отношению к окружению. Все, что находится внутри границы, относится к системе; то, что лежит за пределами, к ней не относится. Можно сказать, что граница осуществляет защиту структуры и функций системы. В некоторых случаях границы воспринимаются как фиксированные, в других — как подвижные. Для удовлетворительного функционирования системы необходимо, чтобы разграничительные линии обозначались ясно и четко, но при этом были подвижны. В этом случае они способствуют сохранению внутренней стабильности, и вместе с тем система обладает той открытостью, которая необходима для ее адаптации и развития в соответствии с изменениями внутри и вне системы. Фиксированные границы ведут к уменьшению обмена с другими системами, следствием чего является изоляция и застой. Слабые и нечеткие границы приводят к неясностям относительно дифференцирования и функций внутри системы.