Переход в другое помещение для проведения собственно психотерапии подчеркивает смену обычного стиля медицинского врачебного приема на неформальный стиль психотерапевтического действия. Необходимость разделения кабинета на помещения для приема и помещения для проведения психотерапевтической работы становится более очевидным при ориентации психотерапевта на современные гуманистические варианты психотерапии, предполагающие партнерские взаимоотношения между пациентом и психотерапевтом. Это особенно важно на начальных этапах лечения, когда решается вопрос о выборе модели, психотерапии и стиля поведения врача. Наличие отдельного помещения для групповых занятий отражает тенденцию современной психотерапии, предполагающую сочетание различных методов и форм воздействия на пациентов, а в условиях поликлиники способствует также интенсификации лечебного процесса.

Организация работы кабинета в определенной мере зависит от принятого порядка деятельности лечебно-профилактического учреждения, на базе которого расположен кабинет. Наиболее частой организационной формой движения пациентов являются листы самозаписи или талонная система, в некоторых случаях запись осуществляется по телефону. Выделяется время для работы с первичными пациентами и для повторных встреч. Из деонтологических соображений, а иногда и в целях обеспечения анонимного обращения в кабинете создается отдельная от общей регистратуры картотека медицинских документов (амбулаторных карт), ведется другая необходимая отчетно-учетная документация.

Специализированную помощь оказывают психотерапевтические кабинеты, созданные на базе профильных лечебно-профилактических учреждений. Например, в кардиологических диспансерах и центрах врачи-психотерапевты оказывают помощь больным с сердечно-сосудистой патологией, в гастроэнтерологических центрах — с патологией желудочно-кишечного тракта, в наркологических диспансерах проводят анонимное лечение зависимости от алкоголя, табака и токсических веществ, на базе физкультурных диспансеров осуществляют психологическую подготовку спортсменов. Для работы в таких кабинетах требуется дополнительная подготовка врачей-психотерапевтов в соответствии с профилем обслуживаемого контингента.