Хотя фармакотерапию и продолжают рассматривать как основной фактор медико-биологического вмешательства, подчеркиваются ее прямые и опосредованные психотерапевтические эффекты. Фармакотерапия содействует психотерапевтическому процессу через реализацию своей специфической биологической активности. Последняя может быть полезной при установлении контакта с больным, для укрепления терапевтической связи, демонстрируя пациенту компетентность врача. Путем ослабления симптомов фармакотерапия может устранить преграды на пути эффективного терапевтического общения, увеличивая степень свободы при изучении пациентами скрытых психологических конфликтов. Лекарственная терапия путем разрушения симптоматических барьеров может способствовать усилению психологических изменений и интеграции нового понимания в повседневную жизнь.

Фармакотерапия воздействует на пациента также посредством плацебо-эффекта. Однако в данном случае речь идет не о традиционном его понимании. В качестве плацебо-эффекта можно рассматривать любую фармакотерапию или компонент терапии, которые намеренно применяются из-за их неспецифического психологического, психофизиологического эффекта или из-за их предполагаемого эффекта, но без целенаправленного влияния на механизмы болезни. Хотя лекарства, несомненно, применяются против специфических нарушений, они не всегда эффективны, так как диагностические показания не вполне ясны или точны. В тех случаях, когда фармакологическое воздействие не приводит к желаемому симптоматическому облегчению, эффект плацебо от применяемых лекарств может быть использован для дальнейшего терапевтического процесса. Например, переговоры с пациентом о значении лекарства могут заложить основание, на котором строится терапевтическая связь.

Фармакотерапия может усилить реакции переноса аналогично тем, которые имеют место без лекарственной терапии. Требование пациента о назначении медикамента может выявить лежащие в глубине зависимые или иные переносные взаимоотношения точно так же, как переговоры о лекарствах могут способствовать выявлению характерных особенностей, имеющих место при других межличностных отношениях. Лекарственные предписания могут помочь в понимании ключевых динамических процессов, относящихся к сопротивлению, переносу, контрпереносу, и в целом содействовать изменениям в процессе работы.