Для практической психотерапевтической деятельности недостаточно теоретико-методологических и методических знаний. Эффективное решение поведенческих, психологических проблем пациента основывается не только на знаниях, но также на понимании условий их формирования и динамики.

Понимание степени научной обоснованности психотерапии зависит и от социально-исторических условий. До настоящего времени мы встречаемся с представлениями о происхождении и лечении психических расстройств, которые связаны с определенными культурными особенностями, уходящими корнями в далекое прошлое. Причины отличия научного знания от бытового находятся вне личного опыта. Научность зависит, в частности, от обоснованности опытом, полученным в соответствии с нормами научной методологии своего времени. То, что научное сообщество определенной эпохи выделяет как достойное включения в структуру науки, определяется не только социологическими феноменами, но и точными, доступными исследованию результатами, достигнутыми при прогрессе знания. Так, после работ Павлова по условным рефлексам в науке иначе рассматривается ряд психологических феноменов. Таким образом, обоснование «технологий» в психотерапии зависит от прогресса знаний. В этом смысле степень научного обоснования психотерапии является отражением своего времени.

На основании представлений Бунге и Перре в качестве общих критериев научной обоснованности психотерапии Абабков предложил:

1. Доказательства эффективности психотерапии. Эффективность психотерапии не может оцениваться субъективно, на мнении психотерапевта или пациента. Требуются сложные, многофакторные научные исследования.

2. Теоретико-методологическое обоснование психотерапии, которое не противоречит современным научным данным. Этот критерий предполагает использование научных знаний не только в области психотерапии, но также в теориях личности и психопатологии.

3. Применение теорий психотерапии, научно объясняющих эффективность психотерапевтического метода. Такое объяснение касается, прежде всего, методологии психотерапии.