В обосновании научных основ психотерапии определяющую роль играет методология. Методология — это система принципов, способов организации и построения теоретической и практической деятельности, объединенная учением об этой системе. Она имеет ряд уровней: философский, общенаучный, конкретно-научный, которые находятся во взаимосвязи и должны рассматриваться системно. Система методологии предполагает мировоззренческую интерпретацию основ исследования и его результатов. Методология собственно психотерапии определяется конкретно-научным уровнем и связана с мировоззренческой позицией исследователя или психотерапевта (например, ориентированной на биологическое, динамическое, когнитивно-поведенческое, гуманистическое и др. понимание личности, поведения, психопатологии).

Конкретно-научный уровень методологии включает приемы исследования: наблюдение, эксперимент, моделирование и др. Они в свою очередь реализуются в специальных процедурах — методиках получения научных данных. Являясь преимущественно психологической и медицинской дисциплиной, психотерапия опирается на методологию и методы общей психологии и биологии.

Под психотерапией обычно понимают или ряд методов, которые включают психологические средства для лечения психических расстройств, или практическую работу тех, кто использует эти методы. Такая дифференциация соответствует различиям между методологическими нормами и психотерапевтической практикой. Психотерапевтические методы могут интерпретироваться как методологические нормы, если их описание содержит информацию об инициирующей ситуации и содержании проблемы, терапевтических целях, предлагаемых психотерапевтических действиях. Различные личностные характеристики, условия окружения, которые важны для данного типа лечения, также могут быть частью первичной ситуации или понимания проблемы. Психотерапевтические методы представлены простыми или сложными вмешательствами в виде психотерапевтических техник, таких, например, как фокусирование, интерпретация или конфронтация. Необходимо знать о действиях, которые могут быть реализованы и при каких условиях (в пределах психотерапевтического процесса), а также — с какой целью. Определение показаний к применению тех или иных методов является общим правилом, указывающим, какие меры являются оптимальными в данных условиях, и включает прогноз успеха в отношении конкретного случая психотерапии.