Успешное снятие эмоционального напряжения и тревоги с помощью аутогенной тренировки оправдывает ее включение в многочисленные варианты методик психопрофилактики родовых болей.

Широкое применение аутогенная тренировка получила также в качестве психогигиенического и психопрофилактического средства при подготовке спортсменов, людей, работающих в условиях эмоциональной напряженности и в экстремальных условиях. Накоплен положительный опыт применения специальных вариантов аутогенной тренировки как метода производственной гигиены.

Противопоказаниями для применения аутогенной тренировки являются состояния неясного сознания и бреда, в особенности бреда отношения и воздействия. Не рекомендуется аутогенная тренировка во время острых соматических приступов и вегетативных кризов. При выраженной артериальной гипотонии используются некоторые специальные приемы для преодоления нежелательного преобладания вагусной системы.

Упражнения низшей ступени воздействуют по преимуществу на вегетативные функции. С целью оптимизации высших психических функций Шульц разработал высшую ступень аутогенной тренировки (аутогенная тренировка-2), упражнения которой должны научить вызывать сложные переживания, приводящие к излечению через «аутогенную нейтрализацию» и «самоочищение» (катарсис). Стандартные упражнения аутогенной тренировки-1 автор считал лишь подготовкой к основному лечению, второй ступени — аутогенной медитации, с помощью которой и достигается аутогенная нейтрализация. Он полагал, что окончательно избавиться от невроза можно, лишь нейтрализовав отрицательные переживания. Приемы такого самоочищения Шульц заимствовал из древнеиндусской системы йоги.

Аутогенная медитация по Шульцу. Прежде чем приступить к аутогенной медитации, тренирующийся должен научиться удерживать себя в состоянии аутогенного погружения длительное время — по часу и более. Во время такой «пассивной концентрации» возникают различные визуальные феномены («тени», «простейшие формы», цветовые пятна и т. п.). Дальнейшая подготовка состоит в научении вызывать и удерживать «пассивную концентрацию» при наличии раздражающих помех — яркого света, шума, звучащего радио и т. п.