Понятие «подсистема» может быть использовано для описания отдельных элементов системы, например, членов семьи. Семейные подсистемы определяются такими факторами, как поколение, пол, интересы. Очень часто подсистема охватывает подгруппу семьи: родительская подсистема, супружеская, детская или женская или мужская подсистемы в семье. Каждый индивид может принадлежать ко многим семейным подсистемам.

Взаимодействия между подсистемами управляются определенными семейными правилами. Природа отношений подсистем — центральный пункт сбора анамнеза для детских психиатров, работающих с семьями — кто кого слушает, кто кого игнорирует и кто меняется в результате получения информации от другого. Границы могут быть значительно нарушены, например, излишнее слияние между членами семьи, инфантилизация родителей или присвоение родительских функций детьми («перевернутая иерархия»). Специалисту также важно определять границы между семьей и супрасистемой (физической, экономической, интерперсональной и экологической), где семья является составной частью.

Структурная теория утверждает, что дисфункцию системы создают крайние варианты. Если внешние границы слишком жесткие, то происходит мало обменов между семьей и окружением, наступает застой в системе. Если границы слишком слабые, то у членов семьи много связей с внешней средой и мало между собой.

Внимание к центростремительным или центробежным импульсам помогает адекватно в сборе анамнеза. Центростремительная картина вытекает из «ригидной системы» Минухина, где «идентифицированный пациент» связан жесткими семейными границами. Положительное подкрепление чаще всего возникает внутри системы, чем снаружи, а личностный рост и отделение члена семьи воспринимается с высокой степенью амбивалентности. При центробежных картинах пациент (часто ребенок) рано и настойчиво изгоняется из семьи. Система имеет недостаток внутреннего сплочения и члены семьи находят положительное подкрепление вне семьи. Очень важно выявить такие картины рано, так как это будет способствовать предупреждению болезней.