Впоследствии, в Средние века, научная мысль вообще и медицинская в частности вновь оказывается во власти мистики и схоластики. Особенно ярко это отмечалось в раннем Ренессансе с его процессами ведьм и казнями психически и нервнобольных. Существовали детально разработанные пособия по диагностике ведовства и одержимости демонами (достаточно вспомнить «Молот ведьм», опубликованный в 1487 г. доминиканскими монахами Шпренгером и Иститориусом). По всей Европе на протяжении столетий пылали костры инквизиции, на которых сжигали депрессивных больных с идеями самообвинения, истерическими расстройствами в сумеречном состоянии, параноиков с бредом преследования, с индуцированным помешательством, охватывавшими иногда целые деревни (последняя «колдунья» погибла в 1782 г.!).

И лишь в XVIII веке, во времена Великой французской революции, стимулировавшей коренные изменения всей структуры Средней Европы и одновременно с этим прогресс целого ряда наук, в том числе и медицины, был нанесен удар по вековым суевериям, сопряженным с психическими заболеваниями. Именно в этот период, в эпоху Пинеля (1745-1826), закладываются истинно научные предпосылки дальнейшего развития психиатрии и психотерапии. По разрешению Центрального Бюро Коммуны Пинель снимает цепи с душевнобольных в Бисетре в 1793 г., что явилось переломным моментом в психиатрии — к лицам с психическими расстройствами стали относиться как к обыкновенным больным, которые нуждаются в хорошем обращении и лечении. Пинель заложил основы лечебного режима пребывания и условий содержания душевно больных, что в дальнейшем, через полтора столетия послужило основными предпосылками возникновения научно обоснованной социотерапии, коллективной психотерапии.

В это же время, в 1776 г. была предпринята первая, весьма наивная попытка научного объяснения лечебного влияния внушения в виде теории «животного магнетизма» Месмера (1734-1815). Еще за несколько веков до этого философы, алхимики и врачи уделяли большое внимание таинственной силе магнита, притягивающего или отталкивающего железо. Так, Парацельс (1493-1541), который впервые употребил термин «магнетизм», прикладывал магнит к телу больного, считая, что он притягивает к себе болезнь. Иногда во время лечения магнитом у некоторых пациентов возникало мгновенное излечение. После смерти Парацельса теорию магнетизма развивал Ван Гельмонт (1577-1644), считая посредником притяжения и отталкивания эфироподобный дух, который пронизывает все мировые тела и приводит их в движение. Мессмер в основу своего учения положил магнитно-флюидную теорию Ван Гельмонта и полагал, что магнетическая сила находится в природе повсюду и обусловливает взаимодействие небесных сил, земли и одушевленных существ. В 1766 г. он защитил диссертацию «О влиянии планет...», где обобщил свои умозаключения. Лишь через восемь лет после этого Месмер начинает заниматься лечением магнитом. Вскоре он замечает, что излечение может наступать и при обычном прикосновении или проведении ладоней над телом больного (так называемые «пассы»), и приходит к выводу, что магнит является лишь передатчиком особого флюида, исходящего от человека. Будучи широко образованным человеком и пытливым экспериментатором, Месмер пытается привлечь к обсуждению полученных результатов венскую научную элиту, однако наталкивается на стену полного неприятия и переезжает в Париж, куда уже докатилась молва о его чудодейственном методе. Вообще, в конце XVIII века всякое начинание, чтобы иметь шансы на успех и сделаться активным фактором в историческом смысле, должно было пройти через мировой центр — Париж. Здесь Месмер обретает популярность, проводит коллективные сеансы магнетической терапии при помощи изобретенного им магнетического чана, пользуется покровительством королевы Марии Антуанетты. В 1774 г. Французская академия назначает комиссию для проверки магнетической теории. В комиссию входили крупнейшие ученые авторитеты того времени — Лавуазье, Франклин, Байли и др. После тщательного изучения вопроса и проверки данных комиссия приходит к выводу, что магнетического флюида не существует и все, что связывали с действием последнего, может быть отнесено лишь к влиянию воображения. А ведь именно в нем и заключалась действительная основа терапевтического воздействия месмеровских сеансов, которая в дальнейшем наукой была облечена в термины «внушение» и «самовнушение». Месмер умер в 1815 г. почти в полной безвестности. У него были как свои сторонники и последователи, так и противники. Но несмотря ни на что, надо признать, что он первый предпринял экспериментальное изучение психотерапевтических отношений, до тех пор использовавшихся только в магических опытах. В практике Месмера существовал раппорт (словесный или невербальный контакт гипнотизирующего и гипнотизируемого), однако он не придавал этому большого значения. Когда его ученик и последователь маркиз де Пюсегюр в 1784 г. сообщил о своем открытии сомнамбулизма (наиболее глубокая степень гипнотического состояния) и возможности войти в словесную связь с магнетизируемым, Месмер уже сталкивался с этим явлением и отмахнулся от этого факта, как от малозначащего. Он интересовался исключительно физиологией. Вот почему Месмера можно считать инициатором физиологического течения в объяснении гипноза.