Психотерапевт осуществляет «дело перестройки личности и отношений больного», опираясь на такие капитальные ее свойства, как сознательность (способность человека давать отчет о событиях не только настоящего, но и прошедшего и будущего), социальность (способность подчинять собственные интересы общим), самостоятельность (способность управлять своим поведением согласно общественно-социальным требованиям). «Эти сугубо личностные черты, недостатки их развития, — пишет Мясищев, — в той или иной из многочисленных комбинаций являются причинами невроза в трудных, вызывающих перенапряжение социальных условиях». И далее: «Именно в этом смысле и применительно к такому пониманию неврозов и их лечения может быть с правом применено понятие психотерапии отношений, использовавшееся ранее преимущественно по отношению к детям и в плане психоаналитического их лечения».

В психотерапевтических беседах применяются различные подходы и приемы: ободрение, убеждение, переубеждение, отвлечение, разъяснение сущности невроза и его симптомов. В дополнение к беседам, в зависимости от симптоматики невроза и его течения, оказываются полезными и другие психотерапевтические методы: внушение наяву и в гипнотическом состоянии, наркогипнотерапия, аутогенная тренировка и др. Эти методы могут выдвигаться на первый план при легких невротических расстройствах или при острых, относительно изолированных невротических моносимптомах. Психотерапия может сочетаться с применением медикаментозных средств и физиотерапии, способствующих нормализации нервных процессов и создающих фон, облегчающий контакт врача с больным. Однако эти средства имеют вспомогательное значение. В систему психотерапии входит и возможное содействие врача в нормализации, где это требуется, производственной или семейно-бытовой ситуации.

Патогенетическая психотерапии Мясищева создавалась в трудные для нашей страны 30-50-е годы. В работах самого Мясищева и его учеников, посвященных патогенетическому пониманию неврозов и их психотерапии, не могло не отразиться общественное сознание того времени с подчеркнутой идеологизацией психотерапии. Отсюда чрезмерно частые в этих работах ссылки на марксистско-ленинскую методологию и учение о высшей нервной деятельности и критика психоанализа.