Фрейд делает вывод, что «значительные части Эго и Супер-Эго могут оставаться бессознательными, обычно являются бессознательными. Это значит, что личность ничего не знает об их содержании и ей требуется усилие, чтобы сделать их для себя сознательными».

Фрейд выделял два типа психологического функционирования. Первичный процесс мышления является характеристикой бессознательной психической активности. Он проявляется в конденсации и смещении, то есть образы имеют тенденцию сплавляться друг с другом и могут легко замещать или символизировать друг друга, используя свободную энергию, игнорируя категории пространства и времени, и направляются принципом удовольствия. Вторичный процесс мышления подчиняется заколам грамматики и формальной логики, то есть уменьшает неудовольствие от инстинктивного напряжения посредством адаптивного поведения. Фрейд считал первичные процессы мышления онтогенетически и филогенетически более ранними, рассматривал их как врожденно-неадаптивные, а все развитие Эго — как вторичное, служащее для их подавления. Примером первичных процессов служит сновидение, вторичных — мышление. Другими словами, в первичном процессе мышления, например в сновидении, идеи и образы относительно взаимозаменяемы, так что одна идея или образ легко символизирует другую идею или образ, тогда как во вторичном — сознательная, рациональная мысль, образ, представления и слова имеют относительно постоянную ценность и значение.

Фрейд пытался определить мышление в терминах перемещений энергии. В «Проекте научной психологии» он ввел понятие «катексисы», то есть кванты энергии, вложенные в отдельные умственные образы. В результате эти представления описываются как «заряженные». Связанная энергия относительно неподвижна и характерна для структурированных частей психического аппарата, то есть для Эго и вторичных процессов, тогда как вложения свободной, или подвижной, энергии служит отличительным признаком неструктурированных частей психического аппарата, то есть Ид и первичных процессов.