Открытие сопротивления относится к периоду написания работы об истерии. Автор впервые употребил термин «сопротивление» в описании случая с Элизабет фон Р. Он пришел к заключению, что сила, сопротивляющаяся лечению, это та же самая сила, которая охраняет патогенные мысли пациентки. Цель одна — защита. «Незнание истерического пациента есть фактически нежелание знать».

В «Толковании сновидений» Фрейд часто ссылался на концепцию сопротивления. По его мнению, концепции сопротивления и цензуры тесно связаны друг с другом: «Цензура для сновидения то же, что сопротивление для свободной ассоциации... То, что прерывает прогресс аналитической работы, есть сопротивление».

В психоаналитической ситуации механизмы защиты проявляются как сопротивление. Автор употреблял эти термины как синонимы в большинстве своих работ. В течение курса психоанализа силы сопротивления используют все механизмы, формы, способы, методы и защиты, которые Эго применяет во внешней жизни пациента.

Анализ сопротивления включает несколько основных процедур. Психоаналитик должен: осознать сопротивление, продемонстрировать его пациенту, прояснить мотивы и форму сопротивления (какой специфический болезненный аффект заставляет пациента сопротивляться; какую конкретную форму и метод пациент использует для выражения своего сопротивления); интерпретировать сопротивление (выявить, какие фантазии или воспоминания являются причиной "аффектов и побуждений, которые стоят за сопротивлением; заниматься историей и бессознательными объектами данных аффектов и побуждений или событий во время анализа, вне анализа и в прошлом); интерпретировать форму сопротивления, для чего заниматься анализом этой и сходных форм деятельности во время и вне анализа; проследить историю и бессознательные цели этой деятельности в настоящем и прошлом пациента. Последняя процедура — тщательная проработка.

Тесно связано с сопротивлением понятие защиты — «общее название для всех специальных приемов, которые Эго использует в конфликтах, могущих привести к неврозу». Предназначение защиты в том, чтобы не допустить осознания импульсов, воспоминаний, предохранить Эго. Механизмы защиты могут побуждаться тревогой, обусловленной увеличением инстинктивного напряжения, угрозами Супер-Эго или реальной опасностью. Поскольку психический фактор, приводящий в действие защиту, должен воспринять угрожающий перцепт до того, как он становится доступным сознанию, Фрейд заменил понятие «сознание» на Эго, так как Эго является частично бессознательным и способно к автоматическим, бессознательным реакциям на изменения внутреннего напряжения. По мнению автора, неврозы обусловлены нарушениями в работе механизмов защиты.