Наблюдаются также изменения и со стороны внутренних органов - нередки врожденный порок сердца и другие нарушений сердечно-сосудистой системы или желудочно-кишечного тракта. Несколько реже встречаются дефекты развития органов дыхания; наличие таких дефектов приводит к частым простудным заболеваниям и повторным пневмониям. В отдельных случаях имеют место пороки развития почек, мочевого пузыря, половых органов.

Грубых локальных неврологических симптомов при олигофрении, особенно при ее легких формах, может не встречаться; они чаще бывают при сочетании олигофрении с другими локальными поражениями центральной нервной системы, в частности при церебральных параличах. Однако при некоторых формах олигофрении все же наблюдается рассеянная неврологическая симптоматика, связанная с нарушениями формирования двигательных и чувствительных функциональных систем. Так, со стороны черепно-мозговых нервов чаще других встречаются симптомы: косоглазие, опущение верхнего века, ритмичные движения глазного яблока (нистагм), слабость (парез) лицевого и подъязычного (отклонение языка в сторону при высовывании) нервов.

Двигательные нарушения встречаются в виде нерезко выраженных парезов, изменений мышечного тонуса различного характера. В анамнезе детей-олигофренов часто отмечаются задержки в развитии двигательных функций: дети позднее начинают держать головку, сидеть, стоять, ходить. Двигательные нарушения касаются быстроты, точности, ловкости и главным образом выразительности движений. Е. Н. Правдина-Винарская изучала отклонения в неврологическом статусе олигофренов. В работе «Неврологическая характеристика синдрома олигофрении» она говорит о том, что, например, мимические движения выполняются детьми-олигофренами быстрее и более четко по подражанию, чем по словесной инструкции. Движения, выполняемые детьми по словесной инструкции, сопровождаются синкинезиями.

У большинства детей-олигофренов наблюдаются задержка в формировании речевой функции, дефекты произношения.