Профессиональная направленность трудового обучения учащихся вспомогательной школы оправдалась в годы Великой Отечественной войны. Школьные мастерские успешно выполняли заказы на изготовление простых изделий широкого потребления и оборонного характера.

Новые условия и возможности для развития теории дефектологии открылись в связи с созданием в 1943 г. Научно-исследовательского института дефектологии при АПН РСФСР (с 1966 г. АПН СССР) на базе Научно-практического института специальных школ и детских домов Наркомпроса РСФСР.

Одним из первых мероприятий, осуществленных этим институтом, был пересмотр содержания обучения во всех типах специальных школ.

В 1943/44 учебном году были введены новый учебный план и новые учебные программы по некоторым предметам. Увеличивается в сравнении с учебным планом 1938 г. количество часов на профессионально-трудовое обучение, которое начинается с 12-летнего возраста независимо от класса обучения учащихся.

Ручной труд как самостоятельный предмет исключается и объединяется с занятиями по рисованию.

Увеличение количества недельных часов, отводимых на изучение отдельных предметов (русский язык, арифметика, профессионально-трудовое обучение) привело к значительному увеличению недельной учебной нагрузки учащихся. Если в 1938 г. минимальная недельная нагрузка составляла 20 часов, то в 1943 г. - 24 часа, максимальная в 1938 г. - 30-31 час; в 1943 г. - 36 часов.

Задачи и содержание преподавания тех или иных учебных предметов в основном сохраняются, как и в предыдущих программах. Заметно усиливается значимость пропедевтического этапа в преподавании тех или иных предметов. Вносятся лишь незначительные поправки, не имеющие принципиального характера.

В этом же 1943/44 учебном году отдельной брошюрой вышли и первые программы по профессионально-трудовому обучению специально для вспомогательных школ по слесарному, швейному делу и деревообработке.

Характеризуя деятельность вспомогательной школы в период Великой Отечественной войны, следует особо подчеркнуть роль Научно-исследовательского института дефектологии АПН РСФСР в эти тяжелые для страны годы. Благодаря НИИД АПН РСФСР научно-исследовательская работа в области дефектологии в эти годы не только не прерывалась, но и обеспечила деятельность всех типов специальных школ для аномальных детей на уровне требований военного времени - времени, когда проблема аномального детства и детской инвалидности приобрела особую социальную, педагогическую и медицинскую остроту.