Стоюнин постоянно подчеркивает педагогическую направленность курса словесности в школе и предлагает изучать не "отвлеченную теорию", а сами литературные произведения: "Для нас словесность - не наука, а литература, т.е. материал ее составляют литературные произведения, которые подлежат изучению и разбору". Этот тезис методиста, особенно резко прозвучавший в третьем издании книги, вызвал активное неприятие у многих словесников, а один из его оппонентов Н.А. Воскресенский даже назвал свою монографию "Словесность - наука" (1887).

Однако Стоюнин вовсе не отказывается от научного взгляда на литературу, рекомендует он и историко-литературный курс в выпускном классе, основой которого, по его мнению, должна быть не сумма сведений и фактов, а понимание сущности самой литературы и развитое эстетическое восприятие.

Стоюнин подробно останавливается на принципе активного, сознательного усвоения литературы учащимися, утверждая, что школьники не должны только наслово верить преподавателю, что учитель призван формировать их собственные взгляды и убеждения, которые "являются вследствие строгого анализа предмета". Ставя в центр урока чтение и разбор произведения, Стоюнин считает основным методом работы аналитическую беседу. Как и В.И. Водовозов, он предлагает выбирать для разбора произведения с ярко выраженной воспитательной направленностью, изучая их не в отрывках, а полностью.

Начинать разборы методист рекомендует с произведений, близких современности, более доступных восприятию учащихся, исключая при этом сатиру. По образцу устных классных разборов школьники должны производить письменные разборы на другом литературном материале. Главное внимание при анализе должно быть обращено на общечеловеческое в произведении.

Взгляды В.Я. Стоюнина на роль литературы в воспитании молодежи сформировались не без влияния реальной критики. Противник теории "чистого искусства", он все же много внимания уделял форме литературного произведения, часто начиная анализ текста с разбора композиции, языка, образов, однако подчиняя этот разбор осмыслению идейного содержания, выходя зачастую за пределы текста, связывая анализ с проблемами современной ему действительности, что придавало публицистичность многим разборам методиста.