Именно с позиции вкуса анализирует Мерзляков литературные произведения в своих лекциях по российской словесности и в литературно-критических статьях. Он оценивает произведения Ломоносова, Сумарокова, Державина и других отечественных поэтов почти независимо от требований классической поэтики. Однако здесь же он нападает на романтические баллады, "дух германских поэтов", который "разрушает все правила пиитики". Эта противоречивость позиции Мерзлякова-критика, остававшегося приверженцем классицизма, но все более доверявшего личным впечатлениям и движениям сердца, проявилась, в частности, в его оценках произведений Жуковского и Пушкина.

В практике преподавания А.Ф. Мерзлякова в центре внимания находится текст литературного произведения, его выразительное чтение и критический разбор, образцы которого предлагает преподаватель. При этом поощряются самостоятельные литературные и критические опыты учащихся. Об этом свидетельствуют воспоминания многих учеников Мерзлякова - воспитанников университетского пансиона, участвовавших в литературных собраниях, на которых читались образцовые отечественные сочинения в стихах и прозе "с выражением чувств и мыслей авторских и с критическим показанием красот их и недостатков".