Сравнительно-исторический метод незаменим при изучении взаимодействия человека и общества. Сравнительно-эволюционный необходим для выявления родовой специфики человека. Сравнительно-этнографический применяется при исследовании народных моделей поведения. Биографический нужен для изучения развития личности в единстве с социальной историей. Казусный полезен при изучении нетипичных и типичных конкретных случаев, взятых из клинической практики.

Указанные теоретические методы исследования получают свое эвристическое значение в сочетании с опытными и экспериментальными.

В ходе непосредственного изучения педантропологом своего объекта особое значение приобретают наблюдения. Как массовые, так и одиночные, как с применением опросных листов, так и без них. Применяются также составление характеристик, психограмм и т.п.; изучение дневников и продуктов творчества; интроспекция и анализ воспоминаний. .

Экспериментальные исследования в области педагогической антропологии тесно связаны с инновационными проектами. Среди них наиболее актуальны модели модернизированного содержания образования, модели воспитывающей и обучающей среды, а также системы профилактики и коррекции отклоняющегося поведения.

Статистико-математический аппарат педагогико-антропологических исследований отличается повышенной строгостью требований к планированию эксперимента, сбору данных и их корректной обработке. Чтобы учесть место индивидуальности в диапазоне действия того или иного закона в каждом отдельном случае, необходимо заложить условия практического применения научного знания в само это знание. Такие условия должны предусматриваться еще при планировании научных исследований и реализовываться в ходе экспериментов и наблюдений.

Методологическое значение идеи целостности и многоуровневости человеческого развития чрезвычайно велико. Она приводит исследователя к отграничению причинных связей от коррелятивных, диахронических — от синхронических. Наконец, она позволяет не упускать из виду системность личности, внутренние взаимозависимости изучаемых явлений и процессов в их статике и динамике.