С XII в. начинается интенсивное влияние арабо-исламской культуры на Европу, много способствовавшее приближению эпохи Возрождения. С конца XII в. в Париже, Болонье и других городах Европы возникают прототипы современного университета.

С конца XIV в. термин «университет» стал означать самоуправляемое сообщество преподавателей и ученых, чье корпоративное существование было признано и санкционировано, как правило, церковной или, реже, гражданской властью.

Славой наиболее знающих и почти не имеющих конкурентов пользовались в Средние века профессора итальянских университетов. В них отдельные науки был представлены двумя-тремя конкурирующими между собой кафедрами, что позволяло преодолевать сектантский дух и оставаться действительно универсальными на протяжении столетий.

Современные университеты Европы в своем большинстве были первоначально духовными корпорациями, учрежденными для образования священников. Профессора и студенты пользовались тем, что долго оставалось привилегией духовенства, — неподсудностью гражданской юрисдикции тех стран, где находились университеты. Они подчинялись только церковным трибуналам.

Этой традицией объясняется экстерриториальность и независимость университетов, управляемых по преимуществу собственными уставами, кодексами, регламентами и т.п. В результате наука и образование в этих странах не испытывали давления со стороны светских властей и могли развиваться достаточно свободно.

Какие области общественного сознания разрабатывались и преподавались в европейских университетах? Прежде всего теология или предметы, служившие подготовкой к теологии, латинский язык, греческий и еврейский. Под названием физики — натурфилософия, этики — моральная философия, логики — философия познания и метод науки. Позднее старинное подразделение философии на эти три отдела в большинстве университетов Европы сменилось более дробным ее подразделением.

Университеты стали ристалищем для противоборствующих направлений мысли, различных школ, подходов, течений. Преобладание научного начала — отличительное свойство университета. Из крупнейших университетов вышли многие ученые мира. Для них широкое и собственно теоретическое образование служило питательной духовной, мыслительной средой, в которой пульсировала их творческая мысль.