Все это существенно затормозило не только естественнонаучную мысль, но и развитие культуры в целом, поскольку все сферы человеческой деятельности, включая искусство и философию, стали зависимыми от догматического и часто неадекватного прочтения священных текстов. Изначальные цели христианства - дать человеку подлинную духовную свободу, добиться нравственного очищения на основе святой любви, увидеть в человеке частичку Господа Бога - усилиями схоластов были извращены. Естественно, что в этой ситуации возникают различные попытки преодоления религиозно-догматической мировоззренческой платформы. Как всегда, философия принимает на себя первый удар.

Николай Коперник (1473-1543) одним из первых позволяет себе усомниться в общепринятой системе взглядов. И дело здесь не только в том, что своим трактатом “О вращениях небесных сфер” он отрицает сложившуюся веками геоцентрическую систему Аристотеля-Птолемея и дает широкие просторы астрономической науке. Более существенно то, что эта гипотеза Коперника по сути провозглашает смелый научно-методологический подход к миру: “видимое не есть действительность”; и этот подход в дальнейшем станет основой всей классической науки.

Философ и поэт Джордано Бруно (1548-1600), развивая гелиоцентрическое учение Коперника, предположил, что Вселенная бесконечна, не имеет определенного центра и, будучи бесконечно одушевленной, предполагает множество миров. Более того, Бог, для Джордано Бруно, тождественен природе, поскольку, являясь всеобщей субстанцией (основой), он проявляется в единичных вещах. Это пантеистическое представление Коперника (“бог есть все”) размывало понятие Бога, подрывая тезис о его принципиальной непознаваемости. Напомним, что высказанные мысли ученого сыграли трагическую роль в его судьбе.

Огромная роль в развитии научных методов естествознания принадлежит итальянскому физику, математику и астроному Галилео Галилею (1564-1642). Являясь поборником теории “двух истин”, Галилей активно доказывал, что философская, научная истина и истина религиозная имеют различную природу. То, что истинно в философии может быть ложным в религии, и наоборот. Отграничив науку от теологии, ученый отстаивал экспериментальный метод познания и разработал ряд научно-методологических принципов.