В большинстве случаев гипнотерапия применяется после курса внушения наяву. Если эффект от него отсутствует полностью, то гипнотерапия может дать лишь частичный эффект, так как общим для обеих методик является внушение. Если же внушение наяву оказало «разрыхляющее» действие на невротическую симптоматику, то эффективность последующей гипнотерапии объясняется лучшей фиксацией внушения благодаря снижению в гипнозе критического восприятия больного, а также седативным и общеукрепляющим действием гипнотического состояния. Значительно более высокий эффект, чем от внушения наяву, наблюдается от использования гипнотерапии при астеноневротических состояниях и расстройствах сна. Более успешна гипнотерапия при неврозах с вегетативными нарушениями и психосоматических заболеваниях. При гипнотерапии неврозов, несмотря на отсутствие специальных внушений, нередко облегчается течение некоторых сопутствующих соматических заболеваний и реже возникают простудные заболевания. Все это указывает также на соматотропный спектр действия гипнотерапии, повышающей реактивность организма. Она целесообразна и при некоторых сопутствующих аллергических иммунных нарушениях, когда использование лекарств затруднено из-за идиосинкразических реакций.

Посредством внушения в глубоком гипнозе можно нейтрализовать травмирующее содержание некоторых кошмарных сновидений. Вначале внушается индифферентная, а затем эмоционально положительная тематика сновидений. Достигнутая модель желаемого поведения закрепляется в процессе последующих игровых занятий.

В глубоком гипнозе создаются необходимые предпосылки для устранения фобий, которые трудно воспроизвести в игре или рисунках. К ним относятся навязчивые страхи ожидания, несчастья, заболевания, смерти и т. д. В серии сеансов больному внушается образ уверенного в себе человека. Полезно дополнительное внушение ночных сновидений, где больной видит себя свободным от страхов. Реализация этих сновидений является благоприятным прогностическим признаком. Окончательное устранение страхов достигается при последующих обсуждениях с больным и перестройке его отношений.