Выше всего Коменский ценит в образовании человека реальные знания о мире и человеческих отношениях. Эти знания должны стать основой для всех остальных знаний, в том числе и для литературной и философской образованности человека. Даже распространенное в то время изучение классических языков Коменский мыслит не иначе, как на основе конкретных восприятий реальных вещей и их отношений, в результате чего получается точное отражение в языке названий вещей и дел в их взаимных отношениях,

Коменский не отделяет понятия образования от воспитания. Образованный человек, с его точки зрения, должен быть вместе с тем и воспитанным человеком. Одним из главнейших пороков старой классической школы Коменский считает именно ее невнимание к воспитательным задачам. Неотесанных питомцев этой школы Коменский называет «дикими ослами» и «упрямыми мулами». С нескрываемым возмущением и иронией относится Коменский и к «поверхностной обходительности в обращении», к «дрессировке» для «светской пустоты», заменявшим собой подлинное моральное воспитание.

Конкретные задачи образования, по Коменскому, сводятся  не только к хорошему знанию природы и общественных отношений, но и к умению действовать и все подчинять на пользу человека и, наконец, к  умению говорить, т. е. передавать  другим свои знания и умения. Он стремится поставить образование таким образом, чтобы усвоение учащимися учебного материала не только обеспечивало бы их знаниями и умениями, но и вело бы их к подлинному всестороннему развитию духовных сил. Таким образом, в педагогической системе Коменского реализм сочетается с гуманизмом. Он понимает всю сложность и трудность этой проблемы и дает образец глубокого всестороннего ее разрешения.

Под влиянием материалистической философии Бэкон, Веруламского Коменский советует учителям в их учебно-воспитательной работе опираться на законы, лежащие в основе человеческой природы, всемерно содействуя ее развитию.

Наряду с лучшими представителями гуманизма Коменский убежден в многосторонности природных задатков человека, в безграничных возможностях их усовершенствования. А потому он считает ненужным принуждение и насилие в процессе обучения. В противоположность господствовавшим в старой школе принудительным и подавляющим ученика средствам воспитательно-образовательной работы, Коменский подчеркивает преимущественное и решающее значение в педагогическом процессе положительных и поощрительных средств, возбуждающих в учащихся интерес, внимание и стремление к подражанию лучшим образцам и вместе с тем вызывающих к деятельности здоровые разнообразные, часто скрытые силы учащихся. Недаром на каждой из 4 частей амстердамского издания собрания его педагогических сочинений красуется виньетка, заменяющая собой эпиграф к его сочинениям. Надпись на виньетке гласит: «Пусть все свободно течет, прочь насилие!».