В 1654 г. Коменский покинул Венгрию и возвратился в город Лешно. Во время войны поляков с шведами, в 1656 г., этот город был сожжен поляками. На этот раз престарелый Коменский нашел для себя убежище в столице Голландии - городе Амстердаме, где и провел остаток своей жизни.

По постановлению сената города Амстердама, в 1657 г. были изданы педагогические сочинения Коменского, написанные им с 1628 по 1657 год. В этом же издании впервые была опубликована знаменитая «Великая Дидактика», первоначально написанная Коменским по-чешски и переработанная им самим к 1638 г. на латинском языке.

Последние годы своей жизни Коменский провел в хлопотах о своих рассеянных в различных странах соотечественниках, не подчинившихся произволу Габсбургских монархов и католической клики их реакционных сподвижников. Коменский скончался 16 ноября 1670 года в городе Амстердаме и был похоронен близ него, в Наардене.

Несмотря на полученное им богословское образование и сан священника, а затем епископа религиозной общины «Чешских братьев», в своих педагогических взглядах Коменский примкнул к самым прогрессивным представителям научно-философской мысли того времени. Хорошо зная классическую и новую философию, Коменский отдает свои симпатии таким мыслителям, как испанский гуманист Людовик Вивес (1492—1540 гг.), итальянец Фома Кампанелла (1568—1639 гг.) и английский философ Бэкон Веруламский (15б1—1626 гг.). Людовик Вивес был одним из первых представителей прогрессивной эмпирической психологии того времени. Фома Кампанелла являлся одним из ярких выразителей социалистических взглядов в ту эпоху, а Бэкон Веруламский, по выражению Карла Маркса, являлся истинным родоначальником английского материализма и вообще опытных наук новейшего времени. Бэкона Веруламского и Фому Кампанеллу Коменский называл «славными восстановителями философии» в противовес широко распространенной в то время бесплодной, обветшавшей схоластической философии, основанной на извращенной  в угоду католической церкви,  философии Аристотеля.