Когда достигнута стабильность реакции, типичный теоретик оперантного подкрепления определяет основную линию, относительно которой будут оцениваться возможные изменения в реагировании в результате манипулирования независимой переменной. Обычно измерение представляет регистрацию степени эмиссии простых реакций, таких, как поклевывание круга или в случае с крысой, нажатие на рычаг. Например, экспериментатор может научить голубя клевать круг и затем закрепить реакцию в режиме прорывного подкрепления. Оказалось, что это продуцирует стабильное и продолжительное реагирование, которое также очень чувствительно к действию введенных переменных. Например, одна переменная, которую можно ввести – краткий период сильного шума, во время клевания. Эффект может быть измерен как изменение нормы клевания. Возможно, при первом появлении звука она уменьшится, но с последующими предъявлениями будет все меньше и меньше отличаться от исходной, пока эффект вовсе не исчезнет. Эксперимент может быть описан как демонстрирующий влияние независимой переменной шума на зависимую переменную – реакцию клевания. Этот простой пример иллюстрирует типичный метод экспериментирования.

На практике может оказаться невозможным установить стабильные нормы реагирования индивидуального субъекта. Но Скиннер в этом смысле был исключительно успешным. В связи с тем, что он экспериментировал с индивидуальными субъектами, он смог редуцировать в основном неконтролируемые источники влияния на испытуемых. Отчасти это оказалось возможным благодаря использованию звуконепроницаемых ящиков Скиннера с контролируемым освещением. Это простое средство эффективно изолирует организм от тех влияний, которые экспериментатор не может непосредственно контролировать.

Одна их областей, в которых ясно обозначается влияние Скиннера, – психофармакология или изучение влияния медикаментов на поведение. Ящик Скиннера оказался замечательным инструментом для работы, предполагающей наблюдение за поведением после .введения фармакологического агента. Предположим, изучаются поведенческие эффекты определенного лекарства. Сначала крысу обучают нажимать на металлическую полоску в ящике Скиннера, подкрепляя нажатия соответственно некоторому прорывному режиму подкрепления. После ряда сессий такого обучения норма нажатий стабилизируется. Она не слишком варьирует в рамках сессий и от сессии к сессии. Затем крысе вводится лекарство перед началом новой сессии, и в течение этой сессии, пока действует эффект лекарства, можно определить производимое им на поведение влияние и его продолжительность. Более того, все это можно проделать с одним экспериментальным объектом, хотя обычно должны быть повторы. В психофармакологических исследованиях среди прочего изучалось влияние лекарств на временные характеристики поведения, восприятие, страх, избегание и аппетит. Ящик Скиннера позволяет исследовать их независимо, в очень сходных базовых условиях. До настоящего времени ни один метод исследования животных даже не приблизился к тому, что используется последователями Скиннера для изоляции отдельных сторон поведения и изучение влияния на них лекарств.