Теперь возникает вопрос о том, как легче всего добиться контроля. Скиннер полагает, что здесь наиболее уместен функциональный анализ. Под функциональным анализом Скиннер понимает анализ поведения с точки зрения причинно-следственных отношений, когда сами причины контролируемы, то есть стимулируются, депривируются и т.п. Психологи часто пользуются терминами "независимая переменная" и "зависимая переменная". Независимая переменная – та, которой манипулирует экспериментатор, зависимая переменная – та, которая изменяется в результате этой манипуляции. Скиннер противопоставляет функциональный анализ поведения тому анализу, который направлен лишь на поиск корреляций между зависимыми переменными, а не на поиск каузальных отношений. При установлении корреляций, как и при классификации черт, мы можем, к примеру, обнаружить, что очень агрессивные люди также очень интеллектуальны. Но мы при этом не показываем, как можно поощрять (или наоборот) агрессивную диспозицию или интеллект. Мы лишь связываем следствие со следствием, но не раскрываем предшествующих переменных, влияющих на обе характеристики. Таким образом, хотя мы и можем до определенной степени предсказать поведение, поскольку можем измерить интеллект и предсказать агрессивность, мы не располагаем указаниями на то, какой переменной следует манипулировать, чтобы повысить или снизить агрессивность.

Скиннер настаивал на том, что поведение можно лучше всего изучить, обращаясь к тому, как оно соотносится с предшествующими событиями. Это положение принимается и многими другими психологами. Скиннер утверждал также, что при функциональном анализе поведения нет необходимости говорить о механизмах, действующих внутри организма. Он полагает, что поведение может объясняться и контролироваться исключительно посредством манипулирования средой, в которую включен организм, и что нет нужды рассматривать организм отдельно или выдвигать какие-либо положения о том, что происходит внутри него. Этот аргумент не пользуется популярностью у психологов за пределами сферы влияния Скиннера.