Свой первый академический пост он принял в Миннесотском университете, куда перешел в 1936 году. Последующие девять лет в Миннесоте были замечательно продуктивны, и тогда установилась репутация Скиннера как одного из главных экспериментальных психологов своего времени. В этот период интенсивной научной активности он нашел время начать роман "Уолден-2"* (1948), где описывал эволюцию экспериментального общества, построенного по психологическим принципам. Вслед за кратким пребыванием в Индиане он вернулся в Гарвард, где и остался до сих пор. За эти годы Скиннер был удостоен многих почестей, включая премию Американской психологической ассоциации "За выдающиеся научные заслуги", членство в Национальной Академии наук, право чтения Джеймсовских лекций в Гарварде. Он – один из трех специалистов в науках о поведении, удостоенных Президентской медали за научные достижения.

* "Уолден, или жизнь в лесу" – роман американского писателя и философа Генри Торо.

Наиболее важная отдельная работа Скиннера – это просто его первая книга, "The behavior of organisms" (1938), которая остается основным источником интеллектуального влияния много лет спустя опубликования. Книга, озаглавленная "Science and human behavior" (1953) представляет введение в его точку зрения и иллюстрирует возможности ее приложения к широкому кругу практических проблем. Подробный анализ языка с точки зрения его представлений содержится в работе "Verbal behavior" (1957), а первый пример программированного обучения предложен Холландом и Скиннером (Holland & Skinner, 1961). Наиболее важные статьи до 1961 года содержатся в сборнике, озаглавленном "Cumulative record" (1961). Интересная оценка его интеллектуального продвижения приведена в автобиографии (1967), а книга "The technology of teaching" (1968) подробно отражает его подход к школьному обучению (научению в ситуации школы). "Contingencies of reinforcement" (1969) содержит новое изложение научной позиции Скиннера, включая его отношение к широкому кругу социальных проблем.