Другие критики указывают на неизбежность субъективности при именовании факторов, выявленных в результате факторного анализа. В частности, если элементы, образующие фактор, очень различны, а это случается часто, исследователь вынужден обращаться к воображению и изобретательности в поиске общего наименования, как клиницист при описании единственного глубоко изученного случая. Последние два пункта можно объединить в виде претензии относительно того, что строгий и эмпирический контроль, заявленный в факторном анализе, неравномерно распространяется на процесс исследования. Так, критики такого рода утверждают, что, в то время как факторный анализ может осуществляться с большой тщательностью и вниманием к детям, такое же внимание не всегда присутствует на этапах, ведущих к тому, из чего выводятся факторы, или в процессе интерпретации фактора.

Множество несогласий среди факторных аналитиков относительно этапов обсчета и интерпретации представляют готовую мишень для упреков. Если этот метод столь объективен и рационален, то почему те, кто о нем больше всего знает, меньше всего согласны по поводу того, как его нужно осуществлять? Если сами сторонники факторного анализа не могут договориться, то почему менее искушенная публика должна считать слово любого из них окончательным? Хотя многие из ранних методологических противоречий между сторонниками факторного анализа теперь во многом разрешены, остается тем не менее несколько важных вопросов, например, относительно достоинств ортогональной и наклонной ротации и о том, сколько факторов следует выводить из данной корреляционной матрицы.

Многие психологи вообще не считают сторонников факторного анализа теоретиками. Некоторые системы просто определяют важные переменные или факторы – без обращения к процессу развития или подробных допущений относительно поведения, что необходимо для осуществления предсказаний того, что не наблюдалось. Как мы уже видели, эта критика неприменима к Кеттелу; неприменима она и к Айзенку, и к Гилфорду, у которых факторы находят свое место в теоретической системе.