Как и любой другой процедурой, факторным анализом можно злоупотреблять, и мудрые исследователи в этой области специально подчеркивают, что он – не замена хорошим идеям и детальному знанию изучаемого феномена. Так, Терстоун (Thurstone, 1948), обсуждая работу своей психометрической лаборатории, утверждает:

"...мы потратили больше времени на конструирование экспериментальных тестов для факторного исследования, чем на всю работу по подсчетам, включая корреляции, факторизацию и анализ структуры. Если у нас несколько гипотез относительно постулируемых факторов, мы создаем новые тесты, которые могут решительно различаться соответственно гипотезам. Это абсолютно психологическая работа без всяких подсчетов. Она требует стольких психологических инсайтов, сколько возможно у студентов и преподавателей. Часто мы обнаруживаем, что были не правы, но иногда результаты обнадеживают. Я упоминаю этот аспект факториальной работы, чтобы развеять впечатление о том, что факторный анализ занимается алгеброй и статистикой. Они должны лишь служить нам в разработке психологических идей. Если у нас нет психологических идей, мы навряд ли откроем что-то интересное, потому что, даже если результаты факторного анализа чисты и ясны, интерпретация должна быть столь же субъективной, как в любой другой научной работе" (с. 400).

Тщательное и тонкое рассмотрение метода факторного анализа содержится в работе Хармана (Harman, 1967).