Логика развития позитивного, экспериментально контролируемого знания о различных аспектах психической реальности привела к тому, что возникла новая альтернатива анатомо-физиологическому объяснению этой реальности, отличная от субъективно-идеалистической концепции сознания.

Эта альтернатива, выделяя понятия о психике и сознании, вела к учению о бессознательной психике. Складываясь в недрах естествознания (прежде всего физиологии), оно явилось подлинным открытием психической реальности. На него указывали такие термины, как «бессознательные умозаключения» (Гельмгольц), «бессознательные ощущения или чувствования» (Сеченов), «бессознательная церебрация» (Лейкок, Карпентер) и др. По звучанию они походили на понятия о бессознательном, восходящие к Лейбницу, воспринятые Гербартом и приобретшие глубоко иррационалистический смысл у философов Шопенгауэра и Гартмана. Но только по звучанию. В действительности бессознательное у Гельмгольца, Сеченова и других натуралистов принципиально отличалось от своих философских псевдодвойников позитивным естественнонаучным содержанием.

В учении Гельмгольца о «бессознательных умозаключениях» содержалась плодотворная идея о существовании фундаментального пласта психических процессов, законы протекания которых скрыты от интроспекции и могут быть установлены только опосредствованно, путем объективного анализа. Так, например, умозаключение о величине предмета выводимо из связи между величиной изображения на сетчатке и степенью напряжения мышц, производящих приспособление глаза к расстояниям. Операция «делания выводов» осуществляется не умом, как «бестелесной» сущностью, но является продуктом сопоставления (по типу, подобному формулам логики) целостных сенсорно-двигательных актов («Если..., то»).

Многие авторы справедливо подчеркивают, что понятие о бессознательном имеет дофрейдовскую историю. Но эту историю заполняют обычно только философские учения, что может лишь укрепить убеждения в том, что бессознательное впервые стало предметом конкретно-научного исследования у Фрейда.