Несмотря на значительное преимущество, метод наблюдения имеет и ряд недостатков.

Поскольку наблюдение часто ведется одним человеком, а его восприятие ограничено, то он может пропустить, не заметить какие-то важные проявления, скажем, воспитанника. Кроме того, исследователь старается в короткое время зафиксировать как можно больше различных явлений, может не суметь соотнести их с целым, не найти их места в контексте тех процессов, которые свойственны коллективу, и его наблюдения могут так и остаться набором разрозненных впечатлений. Это особенно характерно для тех случаев, когда учащегося наблюдают эпизодически. Известно, что в любом учебном заведении всегда есть учащиеся, которые особенно нуждаются в пристальном внимании и специальном педагогическом воздействии, а ограниченность времени не предоставляет возможности исследователю всесторонне и глубоко изучить воспитанника. Поэтому наблюдателю необходимо дополнять данными, полученными при помощи других методов.

Следующий недостаток состоит в том, что наблюдением почти невозможно выявить мнения, суждения, точку зрения, позицию, мотивы деятельности, интерес, склонности, ценностные ориентации. Без привлечения дополнительной информации невозможно также сказать, насколько поведение учащихся, находящихся под наблюдением, типично для окружения. Более того, поскольку результаты наблюдения фиксируются словесно, то при этом неизбежно искажение информации ещё и потому, что некоторые формы поведения учащихся исследователю трудно описать однозначно. Следя за ходом урока, мы методом наблюдения фиксируем внешнее поведение учащегося, его ответы на вопросы, но не можем с достаточной достоверностью судить о тех психических процессах, которые характеризуют внутренние мотивы, стимулы его деятельности. На фактах, зафиксированных методом наблюдения, всегда лежит оттенок субъектности. Поэтому, ещё раз подчеркнем, наблюдения применяются в сочетании с другими методами исследования личности учащегося.