В 90-е гг. под влиянием социально-политических изменений в стране произошел резкий перелом в ценностных ориентациях государства: стали переосмысливаться права человека, права ребенка, права инвалидов; началось освоение обществом новой философии: признание неделимости общества на "полноценных" и "неполноценных", признание единого сообщества, состоящего из разных людей с различными проблемами. Государство провозглашает антидискриминационную политику по отношению к инвалидам. В этом контексте резко изменилась оценка обществом и государством состояния системы специального образования и перспектив ее развития, оно стало характеризоваться как кризисное.

Критике подвергались и подвергаются:

- социальная маркировка ребенка с особыми нуждами как “дефективного”, аномального;

- охват системой специального образования лишь части нуждающихся: "выпадение" из нее детей с глубокими нарушениями в развитии; отсутствие специализированной психолого-педагогической помощи детям со слабо выраженными нарушениями;

- жесткость и безвариативность форм получения специального образования;

- примат образовательного стандарта над развитием личности ребенка.

Одновременно на федеральном и региональном уровнях начинают возникать инициативы по внедрению в практику нетрадиционных методов психолого-педагогической коррекции, новых форм организации специального обучения, калькирующих современные западные модели обучения детей с нарушениями в развитии.

Кризис возник не в отдельных направлениях обучения тех или иных категорий аномальных детей, а охватил систему в целом, ее организационные и методологические основы. Под сомнение был поставлен достаточно оптимистический прогноз развития национальной системы специального образования, существовавшей до 90-х гг., и результативность ее функционирования. Кризис представлялся столь глубоким, что стратегия его разрешения сводилась к альтернативе: продолжать ли совершенствовать существующую систему специального образования аномальных детей, либо, полностью отвергнув сложившуюся систему, перейти к поиску ее принципиально новых основ и организационной структуры, ориентируясь на западные модели.